先要具体区分是什么类型的透支交易，一般分为开仓透支交易、持仓透支交易、约定分成型透支交易。关于开仓透支，如果期货公司不同意，一般情况下不会发生开仓透支交易的情形。所以通常期货公司在此类透支交易中起的是主导作用，也就是说往往是期货公司为了拉拢会员或者客户，或者为了多赚手续费而采取的措施。这种情况下，虽然期货公司和客户虽然都违反了双方合约中关于不透支交易的约定，但期货工公司在其中的过错更大，故期货公司应当承担主要赔偿责任。持仓透支交易需要根据不同情况分别处理。当保证金不足时，期货公司未履行通知追加保证金义务而出现透支亏损的，一般有两种情况：
第一种情况是期货公司擅自平仓造成透支亏损。由于这种情况等于剥夺了客户追加保证金的权利，从而损害了客户的合法权益，期货公司对损失具有主要过错，应当承担主要赔偿责任。同时，由于期货投资者本身对自己的保证金账户也有注意义务，客户对此也有一定过错。
第二种情况是期货公司没有采取任何措施，而行情向持仓不利的方向变化导致客户透支损失。如果这是客户要求保留持仓并经过书面协商一致的，那么主要责任在于客户。如果由于期货公司和客户一起约定分享利益、共担风险，所以期货公司和客户都存在过错。这里的赔偿责任一般可以理解为各半承担。但是如果约定中期货公司只分享利益，而不共担风险，则可以认为是不公平的情况，此时应当由期货公司承担主要赔偿责任。
参考
《最高人民法院关于审理期货纠纷案件若干问题的规定》第三十一条：
期货交易所在期货公司没有保证金或者保证金不足的情况下，允许期货公司开仓交易或者继续持仓，应当认定为透支交易。期货公司在客户没有保证金或者保证金不足的情况下，允许客户开仓交易或者继续持仓，应当认定为透支交易。
