对于农村宅基地房屋买卖合同的效力问题一直存在一定的争议，一般认为该类买卖合同无效。但在宏观政策上对农村集体土地抵押、流转、交易逐渐放开的背景下，特别是对于上海这样城乡一体化程度较高的地区，一味地否定该类买卖合同的效力，将造成买卖双方的利益失衡，卖房人可以藉此反悔否定合同效力，违背了民事法律关系中最基础的诚实信用原则。但考虑到在很多地区城乡差异依然较大，公然承认该类合同的效力将影响法制的统一并损害农民群体的长期利益，因此在司法实践中，许多法院对该类合同的效力不作定性评价，而只依照公平原则和诚实信用原则对当事人的利益分配进行裁判。（“对于将房屋出售给本乡（镇）以外的人员，未经有关组织和部门批准，如果合同已实际履行完毕，且购房人已实际居住使用该房屋的，对合同效力暂不表态，实际处理中应本着尊重现状、维持稳定的原则，承认购房人对房屋的现状以及继续占有、居住和使用该房屋的权利。”上海市高级人民法院<沪高法民 [2004]4号>关于印发《关于审理农村宅基地房屋买卖纠纷案件的原则意见》的通知）。
在上海市高级人民法院2004年的上述文件中，针对购买的宅基地房屋被动迁征收所得补偿款的分配，也有原则性的规定。（按上述第四种情况处理的，如果系争房屋已经拆迁或者已纳入拆迁范围的，应在扣除购房人的购房款后，充分考虑购房人重新购房的合理支出，由购房人与出卖人按比例取得补偿款，其分割比例一般可以考虑在7:3左右。）
